El 3 de marzo de 1961, se fundó la Escuela de Ingeniería Industrial, junto con la creación de la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo. La licenciatura en Ingeniería Industrial se estableció en respuesta a la necesidad de incorporar una carrera de carácter técnico en la recién nacida universidad y atender el impulso hacia la industrialización del país, especialmente en Ciudad Sahagún.
El 13 de septiembre de 1974, el Consejo Universitario aprobó la transformación de la Escuela de Ingeniería Industrial en el Instituto de Ciencias Exactas, que se dividió en dos áreas: Ciencias Puras, abarcando matemáticas, física y química, e Ingenierías, con programas como la licenciatura en Química y la licenciatura en Ingeniería Industrial. Además, se contemplaba la posibilidad de expandir la oferta educativa en ambas áreas.
El 8 de diciembre del año 2000, se consolidó la creación del Instituto de Ciencias Básicas e Ingeniería, con el objetivo de desarrollar las actividades de docencia e investigación. En 1869 el instituto ofrecía un solo programa educativo, pero en la actualidad cuenta con una robusta infraestructura que alberga quince programas de licenciatura y veintiuno de posgrado. Estos programas están distribuidos en seis Áreas Académicas: Biología, Ciencias de la Tierra y Materiales, Computación y Electrónica, Ingeniería y Arquitectura, Química, y Matemáticas y Física. Además, el instituto fomenta la investigación y el desarrollo científico a través de sus 30 Cuerpos Académicos y 8 Grupos de Investigación.
Área Académica de Biología
Área Académica de Ciencias de la Tierra y Materiales
Área Académica de Computación y Electrónica
Área Académica de Ingeniería y Arquitectura
Área Académica de Matemáticas y Física
Área Académica de Química