En agosto de 1986 la Secretaría de Agricultura y Recursos Hidráulicos donó a la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo el campo de Fomento Ganadero, ubicado en la Ex-Hacienda de Aquetzalpa en los linderos de la ciudad de Tulancingo, Hidalgo, en donde se pensó que era un lugar estratégico por contar con un alto índice de crecimiento en los aspectos demográficos, agropecuarios y económicos. Posteriormente, el Honorable Consejo Universitario (de la UAEH) aprobó la creación del Instituto de Ciencias Agropecuarias y la Licenciatura en Ingeniero Agroindustrial, el 10 de diciembre de 1986. Iniciando las actividades académicas el 18 de enero de 1987, con la perspectiva de formar egresados comprometidos con su población, que sean capaces de generar la transformación de la producción agropecuaria de la región.
Durante los 33 años de creado el Instituto se formaron 4 áreas académicas inicialmente, para el año 2011 después de un análisis de la actividad que desarrollaba cada área se llegó a la conclusión de fusionar el área académica de Ingeniería Forestal con el área académica de Ciencias Agrícolas denominándose hoy como área académica de Ciencias Agrícolas y Forestales con el objeto de que sus profesores de tiempo completo se integren en los programas educativos de Licenciatura en Gestión de Negocios Agropecuarios e Ingeniería en Agronomía para la Producción Sustentable e Ingeniería en Manejo de Recursos Forestales contando estos con el perfil académico y de investigación que fortalecerá esta integración.